直到11世纪，经过克吕尼改革运动以及教皇改革，遏制了教会的腐败现象，保证了教皇的德行和号召力，教皇才逐步摆脱了罗马贵族的控制，权力得到恢复，并且开始同世俗君主斗争。
而此时中世纪已然过半，在中世纪的前半段里，教皇莫说号令天下，连自身都难保，何谈中世纪是教会的天下？
教皇的黄金时代
一般认为进入11世纪后，教会权威逐渐达到鼎盛，其中的被经常拿来做论据的就是1077年的卡诺莎之辱。神圣罗马帝国皇帝亨利四世在教皇门外，冒着风雪"忏悔罪过"。这似乎是个很好的说明教权高于王权的例子，但这个故事其实并没有讲完。
亨利四世和教皇的矛盾源于双方都希望主教续任权掌握在自己手中。1077年，教会将亨利四世开除教籍，诸侯们纷纷支持教皇，亨利四世不得不向教皇低头。获得教皇原谅的亨利得以有空镇压叛乱，而教皇再度发难时，德意志的诸侯普遍认为这是教皇针对皇帝的私人仇恨，并没有支持教皇，亨利四世得以带领兵马攻入罗马，教皇格里高利七世落荒而逃。最后虽然一度借诺曼人的兵力重回罗马，但因为诺曼人劫掠太过，格里高利再无法于罗马立足，最终不得不客死他乡，皇帝重新进入罗马。
