而丕平之后，查理大帝继位，法兰克王国和教皇的联盟继续加深，查理大帝帮助被当地贵族逐出罗马的教皇利奥三世镇压叛乱，而教皇则加冕查理大帝为"罗马人的皇帝"。
但好景不长，查理曼帝国分裂后，教廷失去了帝国的支持，只好变成罗马大家族的掌中玩物。这些大贵族的成员雄霸罗马，让教皇本身开始经历教皇史上的"黑暗时代"。这一时期罗马出现的贵族狄奥菲拉克和两个声名狼藉的女儿马洛奇亚和狄奥多拉操控教皇的选举。这段历史被夸张地称为"淫乱统治"。这样的失德行为也严重伤害了教会的权威。
神圣罗马帝国建立后，皇帝也经常主宰教皇的人选，955一1057年的25位教皇中,有13位由地方贵族所任命,其余12位由皇帝任命。在这12位中，皇帝就罢勸了5位。
