其中还有缺乏渡海登陆作战经验；缺乏周密部署缺乏船只；没有海空军支援；判断敌情有误等具体原因，这些造成了解放军第一梯队9000余将士在成功登岛后，缺乏经验，潮汐涨落中战船搁浅被尽数摧毁，后续部队没有船只再续跟进，只能隔海兴叹。
其次，登岛部队面对的敌情已经是得到支援的数倍于己的国民党守军，国军战将胡琏部已援守金门，同时拥有装甲车、军舰、飞机等先进支援。而且金门失守台湾将不保，国军绝地死战，其第四十二团团长李光前上校亲自率部冲锋，最终火线身亡。所以解放军攻岛部队在重围中苦战三日，浴血拼杀，一度攻入金门腹地，但最终仍告覆灭。
金门战役的失利，使解放军清楚了渡海作战的难度。在后来的海南岛战役中，四野总结渡海作战经验并加以重视，为渡海解放海南岛积累了经验。
