约翰二十二世在其任内还致力于提升教廷的独立性，以及寻求在欧洲国际事务中（特别在意大利）各方势力的平衡，以保证教皇在意大利中部稳固的影响力。也正因为如此，十九世纪的历史学家蒙兹（Eugène Müntz）称他为"无与伦比的管理者"。
虽然约翰二十二世的强硬、自信与极具执行力的领导帮助他达成了完善教廷管理体制的目的，却也让他陷入了各种政治与宗教的争论中。在他任内发生了两件牵涉教皇的神学争论。而在这两个事件中，约翰二十二世都受到了同时代著名神学家的指责，甚至被称为"异端"。
1331年11月1日，当天是基督教的一个重要节日--诸圣瞻礼，也就是纪念所有的圣人的节日。在阿维尼翁圣母大教堂约翰二十二世发表了一篇讲道，引起了不小的轰动。在这篇讲道中，约翰认为在耶稣重新降临这个世界进行最后审判之前，基督教的圣人们都是在祭台之下，默观基督的人性；只有在最后审判之后，他们才被提升至祭台之上，面对面地看见上帝。
12月15日，他宣布在末日审判之前，亡者与肉体分离的灵魂，无法享受永恒的荣富。在1332年1月6日主显节，约翰宣称只有在世界的末日审判之时才有对恶人的审判以及耶稣神性的完全彰显。虽然中世纪有神学家在论述关于肉体复活的问题时，有与约翰相似的观点，但是基督教主流的观点还是认为，单个个体死亡后按照其行为接受审判（私审判），而非要等到末日审判（公审判）。
