王耀武曾给家人留话说："假如我有不测，你们可去香港，不要去台湾。"这是他的临别嘱托。所以妻子郑宜兰就带着女儿王鲁云等九个孩子从上海去了香港。
王耀武在济南城破前决定，把关押的中共党员和解放军官兵礼送出城。他还命令毛学谦（王耀武直接指挥的谍报组长），前往协同处理，违者按军法处置。纵观国内战争史，在明知自己将要失败的情况下，把在押的敌人释放出去，王耀武应该是第一人。他不是临死拉几个垫背的，作为自己的殉葬品。特别在困难的情况下，做出一项理性的决定，不能不说他是一个真正的"明白人"。
王耀武被俘后，开国领袖曾让罗瑞卿转告他说："你的抗日功劳我们共产党人是会永远记住的。" 陈毅与粟裕对他也有很高的评价。此后，王耀武作为战犯在北京功德林战犯管理所改造。1959年特赦释放。1966年冬，与北京八十二中教师吴伯伦结婚。1968年，王耀武因病逝世于北京人民医院高干病房，享年六十四岁。
1980年7月29日，中共中央统战部、全国政协为他与溥仪、廖耀湘3人补开了追悼会，置骨灰于北京八宝山革命烈士公墓。最后被定论为"中国近代优秀的军事家、抗日革命家、对人民犯过错误但又做过重大贡献的人，经过改造后成为中共的亲密朋友"，这也代表政府最终为王耀武的一生做了盖棺定论。
