对于菲律宾政府的这些指控，中国外交部发言人陈健解释说，中国在美济礁上的建筑，是"为了保护在南沙海域作业的渔民的生命安全，是一种生产设施"，"中国方面从无拘留，也无逮捕任何菲律宾船只，也没有在美济礁上建立任何军事基地"。
然而，菲律宾方面无视这些解释，随即做出军事反应，把所有的战斗机调到南沙群岛，在卡拉延增加驻军。并于三月底出动海军，把中国在五方礁， 仙娥礁，信义礁，半月礁和仁爱礁等南沙岛礁上设立的测量标志炸毁。甚至派出海军巡逻艇，在空军飞机的支援下，突然袭击了停靠在半月礁附近的4艘中国渔船，拘留了船上62名渔民，指挥他们"非法进入菲律宾专属经济区捕鱼"，"非法破坏海洋自然环境"(注：盛力军：《中菲南沙之争的危险发展》，载《明报》月刊，1995年5月号。)。
随着时间的推移逐渐平息，但是中菲双方的角力并没有停止，一些外国研究机构也加强了对南海信息的收集和分析。
1998年10月，菲律宾重新把美济礁事件挑起。他们拍了一组中国船在原建筑旁卸货的空中侦察照片，指责中国在美济礁扩大"军事建筑"。菲律宾国家安全顾问亚历山大·埃格里将军说，这些建筑"可以被用作渔民避难所之外的目的"。菲律宾国防部长奥兰多·默卡多亦说："我对他们在美济礁建造的东西感到怀疑"。
为了扩大事态，他们不惜故伎重演，于11月29日派出海军把在仙娥礁附近捕鱼的20名中国渔民拘捕，投入巴拉望岛普林塞萨港的一个牢狱里。他们原以为藉此可挑起东盟其他国家对中国的不满，但这些国家当时正处于经济危机，无暇顾及此事，东盟秘书长罗多尔福·塞弗里诺说："我们有更大的问题需要解决，特别是经济问题"。于是，菲律宾只好求救于一位影响较小的美国低级官员--共和党国会议员达纳·罗拉巴彻。
