克娄巴特拉借助毒蛇结束了自己的生命。接下来的问题是，是一条蝰蛇还是一条眼镜蛇。因为眼镜蛇被古埃及人奉为神圣，多数人相信克娄巴特拉就是使用了这种蛇。这一奇特的死法让后人嘘唏不已同时也浮想联翩。单从表现克娄巴特拉这一自杀题材的著名画作不下百幅这一事实便可略见一斑。普鲁塔克详细记述了克娄巴特拉自杀的场景。他写下这些文字的时候，距离克娄巴特拉死亡已有100多年。据说，普鲁塔克祖父的一位朋友曾经是安东尼儿子的侍医，这位侍医因而认识克娄巴特拉的御厨。假如传递信息的这个渠道确实存在过，我们没有理由怀疑普鲁塔克，正如有一位历史学家非常幽默地说，一个伟人在自己屋檐下的所作所为，他的贴身仆人要比后世的大历史学家了解得更清楚。在普鲁塔克的笔下，克娄巴特拉自编自演了一部悲剧。她让人把一条毒蛇放在装满无花果的篮子里，以便躲过屋大维手下士兵的盘查。当她打开果篮的盖子时，蛇咬了她的胳膊，所有的一切便由此了结。让事情变得复杂的是，普鲁塔克又说，克娄巴特拉平时在她的梳子上藏有剧毒，他最后又加了一句更加意味深长的话：“事情的真实经过没人知道。”
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近来，多位喜欢穷原竟委的德国学者从多个角度对毒蛇咬死克娄巴特拉一说进行验证。法兰克福大学法医中心毒物学专家梅布斯说，眼镜蛇是变温动物。在埃及，夏天的气温可以达到40多度，在这种情况下，神不知鬼不觉地在卫兵的眼皮底下把它带入克娄巴特拉的寝宫绝对不可能。另外，根据普鲁塔克的说法，克娄巴特拉之所以选择眼镜蛇，是因为人一旦被它咬伤，便会变得麻木，没有痉挛症状，几乎是在沉睡中死去。而梅布斯则认为，埃及眼镜蛇的毒液攻击人的末梢神经系统，而不是人的大脑。受害者的第一症状是呕吐，并且在意识清醒的状态下遭受剧痛，时间至少持续半个小时，有时甚至达几个小时。他还补充说，古埃及的御医完全有能力及时处置被蛇咬伤的患者。
有关克娄巴特拉的容貌，她的鼻子和身材，以及她的死因和死法的争论持续了近两千年。这些问题似乎越争论变得越复杂，有人可能会问，克娄巴特拉死后究竟葬在何处?如果
找到她的尸体，许多问题便会迎刃而解。普鲁塔克说，克娄巴特拉与安东尼被合葬在亚历山大城内距离宫殿不远的一座坟墓，还说附近有一座伊西斯神庙。迪奥更进一步说，克娄巴特拉生前就在宫廷院落修建了陵墓。如果相信这些古典作家的说法，那么克娄巴特拉的尸体应已随着其坟墓在很久以前发生的地震和海啸中沉入海底
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