印度尼西亚国防大学讲师弗雷加·费迪南德·韦纳斯·因基里旺（Frega Ferdinand Wenas Inkiriwang）说，印尼公开命名北纳土纳海“意味着印度尼西亚变成了该地区的主权主张国，兴许是因为领土完整问题”。
“它位于纳土纳群岛附近，”他说。“纳土纳群岛含有可以继承的、并将对印度尼西亚的发展有利的自然资源。”
公开资料显示，南海领土争端包括南沙群岛、西沙群岛和中沙群岛的主权纠纷、北部湾海上边界问题以及其他地区的争议。后来有关位于印尼和马来西亚附近的纳土纳群岛的主权归属问题也被归类进该争端范围中。
1946年法国的入侵才开始引起主权争议。中国（包括台湾）与越南两方均声称拥有该群岛完整的主权，马来西亚、菲律宾则宣称拥有部分岛屿的主权，并且派军队进占相关岛礁，文莱与印度尼西亚则是宣称拥有此区海域的主权，进而间接包含了南沙群岛部分区域。
2015年11月12日，中华人民共和国外交部主动宣布，南沙纳土纳群岛主权属于印尼。中国与印尼没有岛屿之争执，但大陆棚经济海域伸入中国所定的南海九段线内，包括其天然气油田。
