炮塔后部还有一部激光压制系统，可干扰敌方激光测距仪工作或使步兵致盲。99充分吸收了85外贸坦克的开发经验，其自动灭火设备能在对火源的反应时间在0.1秒以内。
在火力上，99式主战坦克采用了仿制自俄制2A46M-1型滑膛炮的ZPT-98型125mm滑膛炮，可发射尾翼稳定脱壳穿甲弹、破甲弹和榴弹等弹药，列装了激光制导炮射导弹系统。
根据对二期尾翼稳定脱壳穿甲弹的照片估计，该弹的穿甲体长度在540mm左右，因此乐观估计2km垂直穿深在540-780mm左右。
中国宣称该炮的制作工艺高于俄制原有系统，性能更优异，但并没有足够的证据来证明此观点。同时采用了自动装弹机，使成员减少到3名。
99的火控系统由激光压制器/测距仪、弹道计算机、炮手稳定式瞄准镜、车长瞄准镜以及控制仪表和各种传感器组成。装备了二代热像仪。
