然而，菲律宾方面无视这些解释，随即做出军事反应，把所有的战斗机调到南沙群岛，在卡拉延增加驻军。并于三月底出动海军，把中国在五方礁, 仙娥礁，信义礁，半月礁和仁爱礁等南沙岛礁上设立的测量标志炸毁。
甚至派出海军巡逻艇，在空军飞机的支援下，突然袭击了停靠在半月礁附近的4艘中国渔船，拘留了船上62名渔民，指挥他们"非法进入菲律宾专属经济区捕鱼"，"非法破坏海洋自然环境"(注：盛力军：《中菲南沙之争的危险发展》，载《明报》月刊，1995年5月号。)。
随着时间的推移逐渐平息，但是中菲双方的角力并没有停止，一些外国研究机构也加强了对南海信息的收集和分析。
