但是这起普通外交事件并不仅仅让台湾郁闷，一个核大国也为此寝食难安，因为中国影响将可能进入自家后院。中国虽是巴拿马运河重要用户，而通行量头把交椅却是美国。自运河开通以来美国就一直使用军事手段加以占领，期间多次血腥镇压巴拿马人民收回运河斗争，巴拿马前领导人诺列加甚至被美国武力抓去美国接受"审判"。后在巴拿马人民坚持不懈斗争下同意将运河管理权归还，可美国依旧保持"需要时优先使用权"及美国军舰可优先使用权。美国南方陆军司令部与南方海军司令部等诸多重要军事基地直接设在运河区，一千多平方公里之中竟有多达14个美军基地，一方面保持随时军事控制运河能力，另一方面也起到对巴拿马政府军事威慑作用，所谓"保证运河中立"条款名存实亡。
中国虽然已经是运河第二大用户，可长期囿于和巴拿马未建交，很难直接施展政治影响力来维护中国在运河区利益，而运河实际控制权在美国手中，美国军队随时可以任何理由切断运河，从战略上对中国威胁甚大。此番建交，对中国拉美战略铺开意义重大，可以更加直接对运河施加影响维护中国核心利益。同时，巴拿马运河不仅经济价值高，军事上也是连接两洋重要通道，中国海军未来要走向深蓝，巴拿马运河至关重要。
此外，中巴建交也为巴拿马制衡美国军事影响力提供重量级筹码。在美国军事压力下，巴拿马虽手握运河"管理权"但不得不时时看美国脸色行事。此次主动与中国大陆建交，代表巴拿马开始寻求独立自主外交，维护国家长远利益，通过加深与中国政治经济合作反过来可以有效对抗美国巨大军事影响力，因为运河利益过度交织而使美国产生投鼠忌器，不敢轻举妄动。
