歼-20舰载型为了适应在航母飞行甲板起降的要求，还要对机身结构进行进一步加强。因为中国未来一定会发展弹射起飞航空母舰，其弹射器拉动舰载机起飞时会形成很大的过载和结构应力，只有对机身主结构进行加强才会避免出现裂纹、变形等缺陷。此外，歼-20舰载型的前起落架和主起落架也要进行相应的增强，以便能够承受弹射起飞的拉力和着舰时的冲击力。
歼-20舰载型的机载设备要做好充分的防盐雾措施。航空母舰在海上航行时，舰载机就在飞行甲板上进行起降和加油、挂弹等作业。海水蒸发所形成的大量含有微小盐颗粒的盐雾会对航电设备的集成电路板造成很不利的影响，甚至形成短路。为此，歼-20舰载型要特别加强机载设备的密封措施。
此外，在作战使用和任务类型上，歼-20舰载型也与陆基型有相当的差别。歼-20舰载型更多的注重多用途化，制空作战和对海、对陆打击并重。因此，在火控系统以及机载弹药武器方面，歼-20舰载型也有诸多特别之处。
