事实上，两国之所以干上，根本原因在于三点：
一、两国在纳土纳群岛有领土领海争端。
在南海九段线之外有一个纳土纳群岛，那个地方在古代被中国最早发现和使用，郑和下西洋后中国人在那管理了200年，直到荷兰殖民者开始殖民那里为止，荷兰殖民者离开后纳土纳群岛实际被印尼控制。对于纳土纳群岛，除了印尼之外的声索国还有越南和马来西亚。所以，三国对这里有领土领海纠纷是这次冲突的根源。
二、越南积火已久，这次是总爆发。
印尼在佐科上台后，在渔业上管控非常严，对在纳土纳群岛专属经济区捕鱼的渔船采取强硬手段，在过去两三年时间里印尼政府在其专属经济区抓扣并炸毁几百艘越南渔船。这一次，越南是忍无可忍了。
三、越南之所以敢强硬对印尼，主要原因是和中国达成了妥协。
在之前两三年，越南之所以没有对印尼强硬，是因为担心与印尼争端激化会让中国得利，越南担心腹背受敌，毕竟其侵占中国南海29个岛屿，越南不想因小失大。现在，中国与越南在南海达成妥协，越南在南海来自中国的压力减轻了，那么也就敢于对印尼强硬了。
所以，接下来，估计两国在纳土纳群岛海域的冲突会加剧，中国这个时候可以适当拱拱火，让他们较量较量比较好。
