接着，在太平洋战争爆发前，在上海遭到日本人监视的英国驻华情报首脑门德内哥罗，由军统局辖下的游击武装忠义救国军借偷运日货之机将其藏在卡车中护送逃到重庆，他以英国大使馆商务参赞的名义提出与中国合组中英特种技术合作所，进行情报交流，英方并表示愿意援助武器装备和派专家帮助中国组建、训练一支敌后游击部队（太平洋战争爆发后又决定让这支部队开赴东南亚战场配合英军作战）。
学员在听美国教官讲解新式战争
于是，军统局在1941年9月进行了研究，不久即在重庆近郊沙坪坝红槽房建立起了中英特种技术合作所，1942年1月又在沙坪坝小龙坎成立了军统局属下的别动军司令部，中英合作所主任及别动军司令均由前忠义救国军总指挥周伟龙担任。戴笠以军统局原混城队为基础，又在汤恩伯、李仙洲等集团军中挑选了部分官兵，加上军统局人员，组成了别动军七个纵队。原拟开赴东南亚作战，因此第三纵队徐光英部已集结于桂南待命。
国军高官在视察学员学习情况
后来，军统局在援助及训练等问题上与英方意见严重分歧。据蒋介石侍从室情报组组长唐纵1942年4月日记中记载：“英国与我国特务工作之合作，我始终认为英国另有企图……其目的在取得我特务工作之掩护，以便各地活动。周伟龙得我指示后，已渐渐发觉其真面目矣。英人想在第三战区设立爆破训练班，已令顾长官制止。别动军之工作，已严令约束英人不得自由活动……”这一合作于同年4月夭折。
学员们在尝试使用新型火炮
以后，英国人在1944年又曾重新提出合作意向，唐纵1944年3月27日日记记载：“林主任交下中英谋略合作方案……英国人真利害，一次不成二次三次无数次来，不达目的不已。”1944年9月25日日记又记载：“对英情报合作问题，都是为了金钱物品，彼此的争议，原都如此。”其间，中统局想要插手与英国进行情报合作，但在国民党内遭到阻止。抗战后期英国还打算帮助中国在沦陷区组建地下军，也被美国知道后加以反对而未逞。英国首相邱吉尔还为此在克里米亚会议上向罗斯福总统提出质询。罗斯福电召赫尔利回国报告究竟。唐纵1945年2月25日日记记载：“据英方表示，美国外交系由美孚公司及教士指导，彼等目的似欲排斥英国，以便战后独占中国市场。其实，英国之目的亦在争取中国之市场……”
