对于台湾“独派”团体近日宣布启动以“台湾”名义申请参加奥运会及国际体育赛事的“公投”连署时，马晓光表示，国际奥委会对于台湾参加奥运会有明确规定，“奥运模式”是国际体育组织共同遵循的原则，其图谋注定是一场“不可能得逞的闹剧”。
至于被问到“武统台湾”声音愈来愈多，马晓光则认为主因是日益猖獗的“台独”分裂活动，陆方将尽最大努力、最大诚意追求和平统一，但绝不允许发生“台独”分裂中国的情况。
对于M503航线引起的争议，马晓光则认为，M503航线完全位于台湾海峡靠近大陆一侧，设立和启用这航线是大陆内部事务，完全不存在单方面开通的问题。
陆方在开通M503航线前曾与台方“通气”，但不意味着需得台方同意，台方声称陆方违反共识是“完全不符合事实”，台方应正确看待M503航线，不要借机做文章，干扰或破坏两岸关系。
此外，马晓光表明美方的《台湾旅行法草案》违反中美三个联合公报确立的一个中国原则，陆方表示坚决反对，亦奉劝台方勿“挟洋自重”，以免引火烧身。
