近代中国有四个时期是"日本间谍最活跃的的时期"，第一个是清朝洋务运动，第二个30年代中国开始整军，第三是60年代发展核武器，第四个就是中国武器高速发展的今天。
2005年，中国曾驱逐了两名日本人，原因是他们实施未经授权的勘测活动和收集精确到足以供军用的数据。
2010年，4名日本人因在石家庄附近的一处军事基地从事间谍活动被捕。
2015年5月浙江省被拘捕一名日本男子，该男子因为闯入了浙江东部的一处军事设施内，遭到了哨兵的扣押而被捕。
同年在中朝边境，又有一名日本籍男子被逮捕，这名男子频繁出现在中朝边境地区，窥探军事设施机密，引起了中国安全部门的注意。最后，这名男子在丹东市被安全部门拘捕。他在接受审讯时承认，自己与日本政府有联系。
2016年7月日本日中青年交流协会一名工作人员涉嫌从事间谍活动在中国被捕，该男子生于茨城县，曾在社民党开展活动，任日中交流相关团体理事长。该男子被爆30多年前就开始从事日中交流相关工作,曾多次前往北京。他还曾在北京的大学担任过客座教授，在中国政界、学术界拥有广泛人脉。
有的间谍在中国潜伏数十年之久，比如日台经济人协会理事长阿尾博政。他以经济学学者的身份潜入中国，从1982年开始，他为日本陆上幕僚监部呈报了150 篇关于中国情况的报告。2009年，他还在日本出书讲述自己的间谍经历。前后加起来，在中国潜伏了整整 37年。
日本加大间谍投入
虽然日本政府一直否认向他国派遣间谍，但事实上，日本最近几年一直在加大投入、大力推动对外人力情报资源建设,利用外务省国际情报局、内阁情报调查室、公安调查厅等部门加强收集对外情报。
